RNA定量能不能准,第一步就看逆转录。逆转录引物选错,后面qPCR再优化也白搭。今天把实验室最常用的三类逆转录引物拆开讲,让你一次性搞懂该怎么选。
01 为什么引物类型会影响结果
逆转录引物类型决定了cDNA的合成范围,Oligo(dT)只针对mRNA,信息完整但可能偏重3’端;随机引物覆盖所有RNA,背景复杂;基因特异性引物仅针对单一目标,灵敏度最高但通量低。引物选择不当会导致目标基因检测失败、定量不准或背景高,从而影响实验结果。
02 三大逆转录引物对比
Oligo(dT):
Oligo(dT)是一种由多个脱氧胸苷酸(dT)串联而成的寡核苷酸单链,即只含胸腺嘧啶的寡核苷酸链。Oligo(dT)与mRNA的Poly(A)尾巴可以发生特异性结合,因此主要用于逆转带有Poly(A)尾的mRNA。
优点:背景干净,rRNA、tRNA基本不逆转录;有利于长链或全长mRNA的逆转录。
缺点:只能用于有poly(A)的RNA;对RNA样品的质量要求较高,RNA降解或片段化时,5′端信息丢失,全长cDNA合成量会大量减少。
随机引物:
随机引物是一系列人工合成的、序列随机的短链单链寡核苷酸混合物,一般6到8个碱基。当特定mRNA由于含有使逆转录酶终止的序列而难于拷贝其全长序列时,可采用随机六聚体这一不特异的引物来拷贝全长mRNA。可用于mRNA、rRNA、tRNA等各种RNA的逆转录,对于具有复杂二级结构/GC含量较高,来源为原核生物的模板也同样适用。
优点:适用几乎所有RNA样本,包括降解样本、原核RNA、非编码RNA等。
缺点:特异性差,可能出现假阳性;低丰度模板信号可能被“淹没”。
基因特异性引物:
基因特异性引物(GSP)是某个基因序列的一部分,与模板互补的引物,需要结合目标RNA的已知序列进行设计。由于引物和RNA序列特异性结合,每个目标RNA都需要一套新的基因特异性引物。特异性引物通常用于一步RT-qPCR实验中,对于低丰度基因尤其适用。
优点:特异性强,灵敏度高;无rRNA背景,qPCR模板“纯度”高。
缺点:一个基因一条引物,成本高,不适合多基因;设计难度大,引物二聚体或RNA二级结构会拉低效率。
03 逆转录引物选择一览
我们根据以上信息总结了如下表格,大家可以根据表格一目了然地选择合适的逆转录引物。
【注】为提高反转录效率,并保障获得更加完整的cDNA,可以将Oligo(dT)和随机引物混合使用。
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